根据bed文件从fasta文件中获取基因序列
2018-11-22 08:44:34来源：博客园 阅读 ()
第一次写博客，分享一个做的提取基因序列的程序，根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列
源码地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py
bed文件通常用来保存注释基因信息，BED文件必须的3列:
- chrom - 染色体号
- chromStart - feature在染色体上起始位置（其实编号为0）
- chromEnd - feature在染色体上末尾位置（不包括此编号）
第四列是基因的名称
还有些列想了解参考:http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
程序依赖 pyfasta模块（https://pypi.org/project/pyfasta/）
安装pyfasta的命令：pip install pyfasta
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