linux_x86_64 blat安装
2018-08-14 09:54:33来源:博客园 阅读 ()
按网上版本,没能运行成功,主要是环境变量里路径设置错误,红字为更改的部分
blatSrc35.zip下载地址:http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
对于下载好的源代码安装包blatSrc35.zip,需进行编译,安装过程如下:
1.用unzip blatSrc35.zip 解压缩包;
2.bash:cd blatSrc 进入blatSrc文件夹下(此后直到设置环境变量,都在blatSrc文件夹下操作);
3.bash:uname -a 查看linux系统类型,我的系统是x86_64 GUN/LINUX;
4.bash:export MACHTYPE=x86_64 回车;
5.bash:mkdir -p ~/bin/x86_64 回车;
6.bash:make 回车;
7.设置环境变量:主目录下(/home/2188) bash:vim .bashrc;
8.按”i”,编辑文档,最后行输入:export PATH=/home/2188/bin/x86_64:$PATH,编辑完成后Esc,:,wq,回车;(如果输入export PATH=/home/2188/bin:$PATH,运行时不能成功,还需加./blat才能运行)
9.bash:source .bashrc更新环境变量。
至此blat安装完毕 bash:blat *.fa **.fa 回车即以**.fa为 母库比对。
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